Hovedparten af regn- og spildevandet fra kommunen pumpes til Renseanlæg Lynetten i Københavns Kommune, hvor det gennemgår en avanceret rensning, før det rensede regn- og spildevand udledes til Øresund. Renseanlæg Lynetten er en del af BIOFOS, som renser regn- og spildevandet fra 15 af hovedstadsområdets kommuner.
I Gentofte ledes regn- og spildevandet gennem sand- og fedtfang samt finriste på Pumpestation Tuborg Nord. Det har til formål at fjerne sand, fedt og ristegods således, at dette ikke aflejres i trykledningerne mod Renseanlæg Lynetten.
Novafos ejer på vegne af Ballerup, Gentofte og Gladsaxe Kommuner, en del af BIOFOS, som desuden ejes af forsyningsselskaberne fra de 12 andre kommuner.
Regn- og spildevandet fra den nordvestlige del af kommunen - omkring én procent af den samlede spildevandsmængde - afledes til Mølleåværket i Lyngby-Taarbæk Kommune. Afvandingen af regn- og spildevand til henholdsvis Renseanlæg Lynetten og Mølleåværket fremgår af nedenstående kort.
