Det fælleskommunalt ejede forsyningsselskab Novafos A/S varetager driftsopgaven på vand- og afløbsområdet for Gentofte Kommune. Novafos A/S er ejet af Gentofte og otte andre nordsjællandske kommuner. Alle fysiske aktiver vedrørende spildevandsanlæg i Gentofte Kommune og fællesanlæg til transport af Gentofte Kommunes spildevand til renseanlæg placeret i nabokommuner er ejet af Gentofte Spildevand A/S.
Gentofte Kommune har sammen med de otte øvrige ejerkommuner formuleret en ejerstrategi, hvori de overordnede forventninger til driften af Novafos A/S fremgår. Novafos A/S indgår hvert år en investeringsaftale med Gentofte Kommune, som udmønter målsætningerne i ejerstrategien og spildevandsplanen. Det er investeringsaftalens formål at fastlægge de årlige indsatsområder og investeringsniveauer til drift, vedligeholdelse, udbygning og renovering af kommunens afløbssystem. Takster opkrævet af Novafos i Gentofte bruges til aktiviteter i kommunen. For yderligere oplysninger henvises til Novafos´ leveringsbestemmelser (betalingsvedtægt), som kan ses på Novafos’ hjemmeside.
Gentofte Kommune afleder vand til to renseanlæg - Renseanlæg Lynetten og Mølleåværket. Kommunen er medejer af disse renseanlæg. Gentofte Spildevand A/S betaler for rensningen på grundlag af vandforbruget i kommunen.
Renseanlæg Lynetten ligger i Københavns Kommune. Renseanlægget er en del af det kommunalt ejede BIOFOS A/S. BIOFOS A/S er ejet af 15 kommuner. Gentofte Kommune ejer gennem Gentofte Spildevand A/S 6 % af BIOFOS A/S.
Mølleåværket ligger i Lyngby-Taarbæk Kommune. Renseanlægget drives som kommunalt aktieselskab og ejes af Lyngby-Taarbæk, Gentofte, Gladsaxe og Rudersdal kommuner. Gentofte Kommunes ejerandel er 1,51 %.
